Трехстороннее соглашение между Фондом «Сколково», Массачусетским технологическим институтом (М?Т) и автономной некоммерческой организацией «Сколковский институт науки и технологий» (С?НТ, Сколтех) было заключено с нарушениями российского законодательства. К таким выводам пришли аудиторы Счетной Палаты, которые минувшей осенью проверяли деятельность Фонда «Сколково». Кроме того правительство, вместо финансирования отечественного инновационного кластера, поручило выделить 1,6 млрд рублей в виде грантов Массачусетскому институту технологий.  По данным «?звестий» значительное количество выявленных  нарушений в деятельности «Сколково» привело к тому, что Счетная плата засекретила данные проверки аудиторов. В феврале этого года на сайте Счетной палаты было опубликовано короткое сообщение о проведенной аудиторами проверке использования средств федерального бюджета, направленных на создание и обеспечение функционирования инновационного центра «Сколково». Тогда Аудиторы отмечали, что из бюджета на «Сколково» было потрачено 31,6 млрд. рублей. Проверка показала отсутствие в субсидиях на инноград конкретных целевых показателей в привязке к срокам их реализации. «Это создает риски достоверности оценки эффективности их использования» - отмечали в СП, никаких других замечаний опубликовано не было. По данным известий отчет аудиторов оказался под грифом «секретно» из-за выявленных нарушений в финансировании «Сколково». - Отчет аудиторов по «Сколково» был засекречен и не попал в публичный доступ, - заявил источник в Счетной палате. По его словам,  на аудиторов было оказано давление – «правительство надавило на СП и сделало все чтобы отчет не был опубликован и не стало известно, что бюджетные деньги выделенные на Сколково идут в США в виде грантового финансирования Массачусетского института». Общая сумма выделенных «Сколково» средств, которые в итоге могут пойти на финансирование американской науки, может существенно увеличиться. Как отмечается в засекреченном отчете, в 2011 году президент России Дмитрий Медведев поручил Минфину обеспечить «Сколково» предоставление в 2011-2013 гг. средств в размере до 9 млрд рублей. А допсоглашение датированное октябрем 2011 года между Минфином и “Сколково” предусматривало выделение М?Т “в рамках совместной деятельности” 1,6 млрд рублей. Более того, представители Счетной Палаты отмечали, что трехстороннее соглашение (между М?Т, Сколково и С?НТ) которое было утверждено Дмитрием Медведевым (который на тот момент был президентом страны) противоречило российскому законодательству. «Соглашение было заключено только на английском языке, а перевод данного документа в Фонде отсутствовал, что противоречит нормам российского права», - отмечали аудиторы. Представителей Счетной палаты обеспокоила также возможность бесконтрольного использования американской стороной выделенных средств. В самом «Сколково» заявили, что в утвержденном коллегией Счетной Палаты отчете о проведении контрольного мероприятия никаких вопросов к действующему соглашению о создании Сколтеха не содержится. По мнению экспертов, претензии контрольного ведомства могут серьезно осложнить партнерство российского иннограда и с MIT и с другими зарубежными научными центрами, а также заинтересовать правоохранительные органы, которые могут начать проверку выполнения соглашения, и всех обстоятельства его появления. В феврале этого года стало известно, о том что Следственный комитет России (СКР) проводит расследование по подозрению в нецелевом расходовании средств в инновационном центре «Сколково». По данным следователей, 3,5 млрд бюджетных рублей, предназначенных для развития наукограда, вместо использования по прямому назначению долгое время хранились на счетах Меткомбанка, конечным бенефициаром которого является президент Фонда «Сколково» Виктор Вексельберг. Представители СКР подозревают, что банк пустил деньги в оборот, благодаря чему заинтересованные лица получали незаконные прибыли.